建設小湯山醫院二部是北京市抗擊‘非典’的重大舉措。“非典”是一場突如其來的災害，由于“非典”的傳染性較強，綜合性醫院無法做到各類病人，特別是“非典”病人與其他病人之間的封閉與隔離。加之市民對“非典”疫情存在一定的恐懼心理，有的綜合性醫院收治“非典”病人后，影響了其他病人的就診和治療。為了保證“非典”病人和社會的整體安全，做到“早預防、早發現、早隔離、早治療”。
北京的醫療系統承受了巨大的壓力，面對抗擊“非典”的嚴峻形勢，采取強有力的措施，特別是建設專門治療“非典”病人的醫院，使“非典”病人有一個更為良好的醫療環境和更為專業的醫療服務，市委市政府決定建設一個高標準的應急醫院，專門收治“非典”病人。
小湯山醫院二部位于北京市昌平區小湯山鎮東北部，原小湯山療養院東北方向圍墻外，南距市區(北四環)20公里，西距昌平區中心10公里，占地面積122畝，其中建設用地60畝，總建筑面2.5萬平方米，可容納1000張病床，是一所專門收治“非典”病人的臨時傳染病醫院。
選擇目前的地址建設小湯山醫院二部主要是考慮到有以下四個有利條件：1、該用地為規劃的小湯山療養院預留發展用地，可以依托小湯山醫院現有的基礎設施盡快地完成醫院
的建設，同時為醫護人員提供良好的辦公、生活條件。2、該用地交通便利。周圍市政條件較好。3、該用地距最近的村莊距離約500多米，有利于安全隔離。4、該用地周邊有較開闊空地，便于機械化施工，有利于在短期內完成建設任務。整個醫院的配套設施包括接診室、接診專用通道、消毒系統、呼叫系統、吸引系統、氧氣站、氧氣輸送管線、真空泵站、消毒洗車房、液化氣供應站、冷熱上下水系統、污水處理系統、化糞池、垃圾焚燒系統等。為了病人的休養和早日康復，院區內還要進行大面積的綠化、美化，所有病區周圍均種植花草、苗木等，綠化面積達30%。
4月24日至30日，全體施工人員和現場施工人員、質量監督人員吃住在現場，僅用7天時間就完成了醫院的基礎工程和結構工程。
小湯山醫院裝備了較先進的醫療設備。由于整個院區內不同區域相互隔離，與外界也相對隔離，因此醫院信息系統的建設尤其重要。醫院建立了電話通信系統，安裝了1000門電話1000部無線通信設備(小靈通)，保證每個病房與外界的聯系暢通；建立了數據通信系統和計算機網絡，安裝了醫療信息處理軟件，建立了電視系統，保證每個病房都能看到電視。
