一般來說艾灸的時候，不管是艾灸哪一個穴位，最好是控制在5分鐘到30分鐘左右。當然在有些情況下，做一次艾灸的時間可能會長達兩個小時。其實做艾灸的時間選擇是比較靈活的，這個要根據具體的醫生的經驗，還要根據患者的具體病情來加以判斷。在艾灸的時候非常強調患者的感覺，如果做艾灸的時候，患者都感覺比較良好，那么時間可以適當延長一點。

灸關元的最好時機在夏秋之交，相當于北京地區的7月底到9月中。隔日灸1次，每月連續灸10次。冬春兩季除去特殊原因，盡量不要去灸關元穴，因為冬主收藏，春主升發，灸多了反而會泄精氣。立秋前后灸關元，其余時間灸神闕。一天之中，上午和中午較好，陽氣較盛。傍晚和晚上不太適合。但關于能否長期灸關元，一直存在爭議。

關元穴在臍下三寸，因其位于人身陰陽元氣交關之處、又能大補元陽而得名。艾灸關元穴可以強身健體，還可以治療多種疾病，但也非人人適合。它雖可益陽也能傷陰，應用時更應結合病情。臨床上凡屬陰虛陽亢、邪實內閉及熱毒熾盛等病證，要慎用灸法，否則易使邪熱內郁，如兩眼干澀、面部烘熱、口咽干燥、五心煩熱、潮熱盜汗，或面紅目赤、煩躁、便秘的人就不適合艾灸關元。

另外需要注意的是，在做艾灸的時候強調主穴位和次要穴位，如果是在艾灸關元穴位的時候，關元學位是作為主穴位，那么做艾灸的時間就要長一些，如果做艾灸的時候，關元穴位是作為輔助穴位，或者是作為次穴位，那么艾灸的時間往往控制在10分鐘左右最好。